Expediente X 2 se centra en la dicotomía entre ciencia y fe y, especialmente en la lucha interna de Fox Mulder con sus creencias en lo sobrenatural.
Un grupo de mujeres son secuestradas en las montañas de Virginia y las únicas pistas de su desaparición son grotescos restos humanos en los bancos de nieve y las dudosas “visiones” de un sacerdote, que ponen a las autoridades en búsqueda de un extraño experimento medico que puede o no estar relacionado con las desapariciones.

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